O Campus São João de Meriti do IFRJ, localizado na Baixada Fluminense, foi concebido na Fase III do Plano Nacional de Expansão da Rede Federal de Educação Profissional e Tecnológica. Em 14 de setembro de 2011, o prefeito desta cidade emite o Termo de Compromisso com a finalidade de doar ao IFRJ, no prazo de cento e cinquenta dias, um imóvel para instalação do futuro campus. Em 05 de março de 2013, o prefeito sanciona a Lei nº 1.864, que autoriza o Executivo Municipal a doar um terreno para edificação e instalação do campus do IFRJ. Essa Lei é publicada no Diário Oficial da cidade de São João de Meriti em 14 de março de 2013 e determina o prazo de trinta e seis meses para o início da instalação e implantação do campus no município.
Em 21 de outubro de 2015, é nomeado pela Portaria IFRJ nº 1.350/2015, publicada no DOU de 21/10/2015, o Diretor-Geral do Campus São João de Meriti, Professor Sérgio Ricardo dos Santos Moraes, oriundo do IFRJ campus Nilópolis. Em 19 de fevereiro de 2016, foi instituída pela Portaria nº 033/GR a Comissão de Elaboração do Plano de Implantação do campus São João de Meriti, composta por representantes do IFRJ, da Prefeitura Municipal e pela sociedade civil organizada, responsável por elaborar, no prazo inicial de 120 dias, o documento que evidenciaria as especificidades do CSJM.
Cinco meses depois, em 22 de março de 2016, foi publicado no Diário Oficial do Município, o Termo de Cessão Parcial de Uno nº 001/2016, referente ao CIEP São João Bôsco, local onde funcionou a sede provisória do campus até o segundo semestre de 2016. Os primeiros servidores técnicos administrativos tomaram posse e foram investidos em suas funções em 10 de maio de 2016. E, em 23 de maio do mesmo ano, os primeiros professores tomaram posse. A partir do primeiro semestre de 2017, o CIEP 189 - Valdylio Villas Boas passou a funcionar como a sede do Campus São João de Meriti, conforme o Termo de Seção Estadual homologado pelo processo E01/066/327/2016 de 16 de fevereiro de 2017, publicado no Diário Oficial do Estado do Rio de Janeiro no dia 17/03/2017.
No movimento de instalação do Campus São João de Meriti, após a concretização de mapeamento da região e da realização de audiências e consultas públicas na cidade, a Comissão de Elaboração do Plano de Implantação construiu um estudo quali-quantitativo sobre as principais características e demandas do município e seu entorno e decidiu, então, que o Campus São João de Meriti seria responsável pela oferta de cursos de Formação Inicial e Continuada (FIC), Educação Profissional e Educação Superior nos Eixos Tecnológicos de Gestão e Negócios e de Informação e Comunicação. Nesse sentido, no final do mês de agosto de 2016, ainda na sede provisória, iniciaram-se as atividades com o oferecimento do curso FIC em Empreendedorismo e Gestão de Negócios, atendendo a mais de 90 alunos.
Tendo em vista a expansão das atividades do Campus, foram portariadas em novembro de 2016 duas comissões para estudarem a viabilidade de implantação dos cursos técnicos em Administração e em Informática para Internet. A resolução nº 11 de 17 de maio de 2017 aprova o Curso Técnico Concomitante/Subsequente ao Ensino Médio em Administração, o primeiro curso técnico oferecido pelo campus no eixo de Gestão e Negócios. Por sua vez, a resolução nº 39, de 19 de outubro de 2017 aprova o Curso Técnico Concomitante/Subsequente ao Ensino Médio em Informática para Internet, relacionado ao eixo de Informação e Comunicação, por fim, neste período, destaca-se a resolução nº 21 de 10 de agosto de 2018 que aprovou o Curso de Pós-Graduação Lato Sensu em Práticas de Letramento inaugurando as atividades do Eixo Tecnológico de Desenvolvimento Educacional e Social.
Por meio de indicação, em 28 de dezembro de 2018, é publicada a Portaria IFRJ nº 2.550/2018, que nomeia para Diretor-Geral do campus, o Assistente em Administração Alexandre Magno de Almeida, oriundo do IFRJ campus Arraial do Cabo, sendo exonerado em 27 de novembro de 2019.
Neste período, destacam-se a resolução nº 16 de 18 de junho de 2019 que aprovou os Cursos de Pós-Graduação Lato Sensu de Gestão de Negócios (eixo de Gestão e Negócios) e FIC em Eletricista Instalador Predial de Baixa Tensão, inaugurando as atividades do Eixo Tecnológico de Controle e Processos Industriais.
Após o reestabelecimento do processo de consulta democrática a comunidade, em 02 de janeiro de 2020, foi nomeado pela Portaria IFRJ nº 3.045/2019 de 27 de dezembro de 2019 e publicada no DOU de 02/01/2020, para a função de Diretor-Geral do Campus São João de Meriti, o Professor Rodney. Meritiense, morador de São João de Meriti, membro da Academia de Letras e Artes de São João de Meriti, Criador e Curador do Festival Literário Internacional da Diáspora Africana de São João de Meriti (FLIDAM), Líder do Grupo de Pesquisa LISEDUC - Laboratório de Informática, Sociedade e Educação, ex-Coordenador de Pesquisa e Pós-Graduação do IFRJ campus Paracambi (9/2007 a 10/2009), ex-Diretor-Geral do IFRJ campus Engenheiro Paulo de Frontin (por duas vezes: 1/2010 a 5/2018), ex-Pró-Reitor de Pesquisa, Inovação e Pós-graduação do IFRJ (5/2018 a 1/2020), ex-Vice-Coordenador da Comissão de Inovação do Fórum dos Dirigentes de Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação (Forpog) do Conselho Nacional das Instituições da Rede Federal (Conif, entre 7/2018 a 1/2020), é docente do IFRJ desde outubro de 2006, e a partir de 7 de janeiro de 2020 foi removido em definitivo, a pedido, para o IFRJ campus São João de Meriti, tornando-se também docente lotado no campus, que recentemente, conforme destacado pelo Ministério da Educação (MEC) foi escolhido egresso em destaque pelo Doutorado da Universidade Federal do Rio Grande do Sul / Ppgie.
Desde 2020, estabeleceu-se de forma sistematizada e intensa um amplo diálogo com a sociedade civil organizada da cidade, com os poderes executivo de São João de Meriti e legislativos municipal, estadual e federal. Foram criados diversos novos cursos entre eles destacamos a Pós-graduação EaD em Informática Aplicada à Educação, os cursos FIC em Assistente em Logística, FIC em Assistente em Contabilidade, FIC em Assistente Administrativo, FIC em Cadista para Construção Civil, FIC EaD em Contação de Histórias, a confeção de um Relatório de Atuação e Planejamento do IFRJ campus São João de Meriti, a reorganização dos espaços físicos do campus, da resolução do Conselho Superior que cria a Incubadora de São João de Meriti - InEmpSJM, instalação dos painéis solares fotovoltaicos, melhorou-se substancialmente a comunicação, com peças audiovisuais modernas que melhor dialogam com a população, tendo como consequência uma grande impacto no número de matriculas, a chegada de novos servidores públicos, atuou junto aos órgãos municipais competentes pela imunização de servidores(as) docentes, técnico-administrativos(as), anistiados(as) e colaboradores(as) terceirizados(as) do Campus São João de Meriti pela vacinação contra o novo Coronavírus SARS-CoV-2 COVID 19. Mais recentemente avançam as discussões para a criação de uma passagem física entre o Shopping Vida e o Campus São João de Meriti do IFRJ, a implantação de um Restaurante Universitário, a criação do Espaço Maker e a implantação do Bacharelado em Administração.