A estrutura administrativa do Campus Engenheiro Paulo de Frontin observa a Resolução nº 16/2011, conhecido como Regimento Geral do IFRJ. Essa estrutura conta com o Diretor-Geral do Campus, Prof. Dr. Ricardo Esteves Kneipp; o Diretor de Administração, Daniel Clarismundo Borges e do Diretor de Ensino, Roni Costa Ferreira.
A força de trabalho deste Campus é composta por 29 docentes da Educação Básica Técnica e Tecnológica e 28 técnicos administrativos, ocupantes de cargos efetivos, além de 4 servidores anistiados da extinta Rede Ferroviária Federal. O campus dispõe ainda de 10 colaboradores terceirizados, que prestam serviços por intermédio de contratos firmados entre o IFRJ e os entes privados. Dentre os serviços prestados por meio desses contratos licitados estão os serviços de limpeza interna, vigilantes, motorista distribuídos conforme estabelecido pela legislação vigente e nos editais de licitação.
O campus conta com os seguintes setores:
Direção Geral do Campus Eng. Paulo de Frontin;
Diretoria de Administração;
Diretoria de Ensino;
Coordenação de Turno (CoTur);
Coordenação Técnico Pedagógica (CoTP);
Coordenação de Extensão (CoEx);
Coordenação de Pesquisa, Inovação e Incubadora (CoPI);
Coordenação Adjunta do PRONATEC do Campus Eng. Paulo de Frontin;
Escritório de Acesso - Mulheres Mil;
Coordenação de Integração Empresa Escola (CoIEE);
Coordenação de Suporte de Tecnologia da Informação e Comunicação (CSTIC);
Coordenação de Biblioteca (CoBib);
Secretaria Acadêmica (SecAcad);
Serviço de Saúde (SerSa);
Coordenação de Compras (CoCom);
Sala dos Professores;
LISEDUC - Laboratório de Informática, Sociedade e Educação;
NAPNE - Núcleo de Apoio as Pessoas com Necessidades Especiais (portariado);
NEABI - Núcleo de Estudos Afro-Brasileiros e Indígenas (portariado);
Espaço de Convivência;
Auditório.
Diretoria de Administração - DA
Carlos Alberto de Castilho
Carlos Jose Gaspar
Daniel Clarismundo Borges - DA
Gabriela de Oliveira David
Ronald Pereira Magalhães
Diretoria de Ensino - DE
Roni Costa Ferreira - DE
Coordenação do Curso Superior de Tecnologia em Jogos Digitais
Fabio Corato de Andrade
Coordenação do Curso Técnico Integrado em Informática para Internet
Cristiane Moreira da Silva
Coordenação de Pesquisa, Inovação e Incubadora - CoPII
Lindinei Rocha Silva
Coordenação de Extensão - CoEx
Sérgio Dias da Silva
Coordenaçãi de Secretarias Acadêmica (Ensino Médio)
Coordenação Técnico-Pedagógica - CoTP
Aline Barbosa da Silva
Fábio da Silva Gomes
Silvana Alves de Andrade
Coordenação de Compras
Alan Machado Borges
Coordenação de Suporte de Tecnologia da Informação - CSTI
Luis Henrique Campus Braune
Rodrigo Mendes Peixoto
Victor da Silveira Baldez
Coordenação de Biblioteca – CoBib
Bruno Ferreira
Leonardo de Almeida Pires
Luiz Cláudio Silva da Costa
Silício Fluminense - Incubadora de Jogos Digitais, Empreendimentos e Economia Criativa de Paulo de Frontin (SFInJE)
Sergio Dias da Silva