O Campus Arraial do Cabo apresenta, atualmente, três grupos ativos de pesquisa, todos reconhecidos institucionalmente e credenciados no Diretório dos Grupos de Pesquisa no Brasil do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), a saber:
GRUPOS ATIVOS
Grupo 1 - Ciência e Tecnologia no Ensino de Educação Física
Espelho: <dgp.cnpq.br/dgp/espelhogrupo/0686581262159346>.
Líder: Prof. Dr. Rafael Guimarães Botelho
Grupo 2 - Ciência, Tecnologia e Linguagens (CTL) no Ensino de Línguas
Espelho: <dgp.cnpq.br/dgp/espelhogrupo/5772162428957313>.
Líderes: Prof. Dr. Bruno Cavalcanti Lima / Profa. Dra. Alda Maria Coimbra Aguilar Maciel
Grupo 3 - Tecnologias Digitais Aplicadas ao Ensino
Espelho: <http://dgp.cnpq.br/dgp/espelhogrupo/3299632096118418>.
Líder: Profa. Dra. Carmen Elena das Chagas
GRUPOS FINALIZADOS
Grupo - Ciência, Tecnologia e Sociedade (CTS) no Ensino de Física
Este grupo foi finalizado em 2017 devido à redistribuição da Profa. Dra. Cassiana Barreto Hygino Machado, líder do grupo, para o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Fluminense (IFF) .
Grupo - Educação, Ciência e Inovação no Ensino
O grupo de pesquisa "Educação, Ciência e Inovação no Ensino" foi o primeiro, no Campus Arraial do Cabo, a ser credenciado no CNPq (em 2011), tendo seu ciclo concluído em dezembro de 2015, devido à produção científica e atividades concentradas em um único participante.