A gestão da inovação no IFRJ é feita pela Diretoria da Agência de Inovação (DIRAGI) da Pró-Reitoria de Pós-graduação, Pesquisa e Inovação (PROPPI).
Em um mundo em constante transformação, a Inovação é a chave para o sucesso das organizações e dos indivíduos. O IFRJ tem em seu DNA a inovação, pois, de acordo com a Lei que instituiu a Rede de Institutos Federais (IF), eles devem, dentre outras ações, desenvolver programas de extensão e de divulgação científica e tecnológica, realizar e estimular a pesquisa aplicada, o empreendedorismo, o cooperativismo e o desenvolvimento científico e tecnológico, além de promover a produção, o desenvolvimento e a transferência de tecnologias sociais. Contribuindo para o cumprindo da missão institucional do IFRJ e compreendendo o valor do conhecimento e da informação em nossa sociedade, a DIRAGI/PROPPI incentiva a inovação fomentando a pesquisa aplicada por meio de programas e editais próprios, viabiliza e apoia a Acordos de Cooperação e Parcerias com o setor produtivo e outras ações que tenham intuito de Inovação, e zela pela manutenção da política de inovação institucional atuando na proteção à propriedade intelectual, no incentivo à transferência de tecnologia e na disseminação da cultura de inovação por meio de eventos e capacitação.